El Programa se realiza en coordinación con la Secretaría de Comunicaciones y Transporte (SCT), es voluntario y tiene hasta el momento 146 empresas inscritas. Estas han logrado reducir anualmente 6 millones de toneladas de dióxido de carbono (CO2) al año, que en suma representan 2.4 millones de toneladas de emisiones evitadas a la atmósfera.

Los objetivos del programa se han logrado a través de la implementación de estrategias y tecnologías que reducen el consumo de combustible, además de medidas como: capacitación a operadores en conducción técnica-económica, mejorar la aerodinámica en tractos y remolques, diagnósticos energéticos, reducción de la operación en vacío, llantas individuales de base ancha, sistema de inflado automático de llantas, uso de materiales ligeros, lubricantes avanzados, combustibles alternos como el gas natural, dispositivo de control de emisiones (RETROFIT), operaciones intermodales y vehículos híbridos.

Tiene el apoyo de la Agencia de Protección de Medio Ambiente de los Estados Unidos (EPA), la Comisión de Cooperación Fronteriza y la Agencia GIZ.  

Se anunciaron nuevas estrategias y ejes rectores de la tercera fase del Programa Transporte Limpio que incluyen la creación de una Red Nacional de Capacitación en conducción técnica-económica, el diseño de un esquema de Certificación, la actualización de la herramienta de evaluación de emisiones del transporte, adoptar el programa a nivel estatal y hacer sinergias con otros entidades relacionadas con el sector.

Durante la ceremonia, representantes de la Comisión Nacional para el Uso Eficiente de la Energía, de la Asociación Nacional de Productores de Autobuses, Camiones y Tractocamiones y de la Asociación Nacional de Transporte Privado firmaron una carta-compromiso para apoyar al Programa Transporte Limpio, con esta colaboración se obtendrán importantes reducciones de emisiones de gases de efecto invernadero y otros contaminantes en el sector transporte.